Il territorio in esame si presenta per gran parte della sua superficie coperto da un manto boscoso che conosce modeste soluzioni di continuità solo nelle valli più dolci, coltivate a cereali o destinate al pascolo, o lungo le principali arterie di comunicazione, spesso percorsi di crinale o di mezza costa che portano i segni di una colonizzazione umana avvenuta sin dalle epoche più remote. Il primo orizzonte vegetale si estende in una fascia relativamente limitata prossima alle pianure costiere. Tra tutti gli orizzonti è quello caratterizzato da situazioni più spiccate di aridità e di massime temperature così da presentare una flora arborea dominata dal leccio e dalle altre specie tipiche di questi climi: orniello, corbezzolo, sughera ecc. Questa associazione vegetale prende comunemente il nome di macchia mediterranea ed e oltre che il risultato evolutivo ad un ambiente climatico particolare, anche il prodotto finale di un processo di degradazione innescato dal continuo utilizzo che l'uomo ha fatto di questi boschi da millenni. Nella macchia il sottobosco, viste le precarie condizioni di illuminazione, è rado, poco differenziato, caratterizzato da ciclamini, pungitopo e liane spinose comunemente dette "razzole". Gli orizzonti collinari e submontani sono quelli più rappresentati. Caratterizzati anche questi da un pressante utilizzo da parte dell'uomo che ne ha sicuramente modificato le caratteristiche, oggi si trovano spesso in uno stato di abbandono dovuto alla diminuita richiesta di legna da ardere e soprattutto alla fine dello sfruttamento del legname per la produzione di carbonella. I segni di tale lavorazione sono ancora ben visibili, strade, viottoli, ma soprattutto piazzole per la carbonificazione punteggiano di fatto 1'intero territorio e costituiscono tutt'ora l'ossatura principale della sentieristica che si snoda in queste terre. Le querce caducifolie caratterizzano questi orizzonti vegetali; nei versanti più freschi e a quote più elevate domina il cerro, mentre la roverella vegeta in terreni più calcarei e nei versanti meglio esposti. La roverella è anche la "quercia" per antonomasia, sempre roverelle sono infatti le magnifiche piante camporili spesso associate, non a caso, al podere toscano. La roverella è un ottima dispensa vivente: fornisce infatti, anno dopo anno, un abbondante fruttificazione ben appetita al bestiame. Bestiame, soprattutto suino, che in passato ha avuto un'importante voce nell'economia locale e nella gestione del patrimonio arboreo, visto che veniva tenuto allo stato brado nel bosco a pascolare ghiande. L'abbandono degli allevamenti e quindi dei pascoli ha comportato conseguenti problemi di tipo forestale ed idrogeologico, risolti nei decenni passati con notevoli programmi di riforestazione. Un esempio classico è quello della massima cima delle Colline Metallifere, le Cornate di Gerfalco (m.1014), fino agli anni Trenta distesa di pietraie e magri pascoli, oggi caratterizzate da rimboschimenti a pino nero e dalla ripresa vegetativa di lecci e carpini neri. La zona submontana delle Colline Metallifere è inoltre interessata da notevoli estensioni di castagneti, in parte coltivati a frutto, in parte destinati alla produzione di paline e quindi regolarmente ceduati. I castagneti occupano aree sopra i 500 - 600 metri s.l.m. generalmente nei pressi dei nuclei abitati, testimonianza di una loro importante utilizzo da parte dell'uomo che nella castagna aveva nei secoli passati un fondamentale mezzo di sussistenza. I querceti sono caratterizzati dalla presenza di altre specie arboree quali il carpino nero, il sorbo, l'omiello, e arbusti: biancospino, Rosa sempervirens, Prunus spinosa. Il sottobosco rispetto a quello della macchia risulta di maggiore varietà. Sono infatti presenti il pungitopo, le primule, l'elleboro, la mammola; immancabili le liane: Smilax aspera e Clematis vitalba spesso caratterizzano il bosco; sono presenti anche la lonicera e l'edera. Impossibile tacere infine la ricca presenza nei mesi autunnali e invernali dei funghi, i più ricercati dei quali sono i gustosi porcini. L'orizzonte montano nella sua accezione più rigida è presente solo in alcune aree a più elevata altitudine delle Colline Metallifere, in particolare sulla cima del Poggio di Montieri, e in alcune zone, le più fresche, delle Comate di Gerfalco. La vegetazione acquista specie tipicamente montane quali il faggio presente estesamente e con grandi esemplari sul Poggio di Montieri, e le conifere, soprattutto provenienti da rimboschimenti, Abies alba, Picea abies, douglasia, cipresso di Lawson. Le altitudini comunque limitate fanno si che unitamente alle specie più tipicamente montane siano presenti anche piante di orizzonti più termofili quali: aceri minori, aceri campestri, carpini bianchi. Nella descrizione della vegetazione della zona va poi ricordata la presenza di associazioni vegetali assolutamente atipiche per la Toscana Meridionale; il riferimento va soprattutto alla cosiddetta landa a brugo (Calluna vulgaris), Ericacea tipica di latitudini assai più settentrionali, ma presente nei dintorni di Monterotondo, nei pressi di alcune fumarole di gas endogeni, che con i loro vapori hanno alterato cosi profondamente la natura delle rocce e la loro reazione acida, da permettere la vita a questa pianta cosi esigente; il brugo è presente anche nelle antiche discariche delle miniere di Serrabottini.